Органичното отглеждане означава, че растенията се култивират без използване на синтетични материали – без химически пестициди и с естествени добавки като торове. При традиционното отглеждане в пръст, тя също трябва да бъде без химикали за определен период. При хидропоника, където няма пръст, статусът „органично“ зависи от това как се поддържат растенията по време на растежа.
В хидропоничните системи се използва безпочвена среда – например силициеви камъни, каменна вълна, перлит или комбинация от тях. За органично отглеждане средата трябва да е непоказана на химически вещества. Много от тези материали са термично обработени, което ги прави подходящи за органична хидропоника. Ако средата е била използвана в неорганични системи, трябва да се замени с нова, неизползвана.
На пазара има готови хидропонични хранителни смеси, които се разтварят в чиста вода. Ако са етикетирани като органични, те правят растенията органични, стига да няма замърсяване с неорганични торове или химически пестициди. Водоразтворим органичен тор, смесен с магнезиев сулфат (Epsom соли) и вода, създава добър универсален хранителен разтвор за органична хидропоника.
Лесен начин за органичен хранителен разтвор е компостният чай – висококачествен органичен компост се разтваря във вода и се оставя да се настои около 24 часа. Получава се тъмен, богато на хранителни вещества разтвор, който се прецежда преди употреба, за да не запуши системата. Недостатъкът е, че нивата на хранителните вещества са непредвидими и трудно контролируеми.
Подобно на компостния чай, чайът от червеи се приготвя от органични червейни торове. Червеите преобразуват органичната храна в богати на азот, микроелементи и полезни бактерии натрупвания. При условие, че червеите са хранени само с органични материали, този чай е напълно органичен и допринася за здравословен растеж.