Коренът на доматеното растение има сложна и силно разклонена структура. Тя служи за здравото закрепване на растението в почвата и му позволява да контактува с изключително голямо количество земя, извличайки максимално възможното количество вода и минерали. Активният живот на корените на домата е сравнително кратък, но именно той формира основата за по-късните етапи от развитието, когато растежът се концентрира в надземната част на растението.
Главният корен на домата, известен още като стерженов корен, е дълъг и дебел корен, който се простира право надолу в почвата. Той образува ядрото на цялата коренова система и представлява основната опора на тялото на растението. Всички останали корени се свързват с този централен корен, който действа като проводник за влагата и хранителните вещества, извлечени от почвата.
Страничните корени са тези, които излизат от стените на главния корен на доматеното растение. Те функционират като котви, които стабилизират растението и го предпазват от накланяне в една или друга посока. Страничните корени растат навън и надолу по диагонал, което позволява на растението да контактува с възможно най-голяма площ от почвата и да усвоява повече ресурси.
Малки власинки покриват почти цялата дължина на всеки корен, израствайки от епидермиса, т.е. външния слой на корена. Макар че те допринасят за още по-здравото закрепване на растението в почвата, основното им предназначение е да увеличават поглъщателната повърхност на корените, осигурявайки максимален прием на вода и минерали. Именно тези власинки абсорбират жизненоважните хранителни вещества от почвата, които след това се придвижват нагоре по корените, за да хранят цялото доматено растение.
Върхът на главния корен е зоната с най-интензивен растеж при доматеното растение. Вътрешната част на тази област се нарича меристем — там клетките се делят бързо и растат непрекъснато надолу, удължавайки корена. Непосредствено под меристема се намира кореновата шапчица — защитно покритие върху самия край на корена, което предпазва нежните новообразувани клетки от увреждане при преминаването през почвата.
Познаването на структурата на кореновата система на домата е важно за всяко градинарство, тъй като правилното поливане, разрохкването на почвата и подходящото торене пряко подпомагат здравословното развитие на корените и по този начин гарантират обилна реколта.