Според Агенцията за опазване на околната среда на САЩ (EPA) киселинният дъжд се състои от влажни и сухи атмосферни отлагания, съдържащи по-високи от нормалните количества азотна и сярна киселина. Източници като автомобилни емисии, разграждаща се растителност и вулканични газове допринасят за образуването му. Езерата и водните системи, засегнати от киселинен дъжд, претърпяват сериозни промени в химичния си баланс, което вреди на водните организми, уврежда екосистемите и повишава нивата на азот и сярни съединения в околната среда.
Повечето езера имат pH стойност между 6 и 8, отбелязва EPA. Когато киселинният дъжд попадне в тези водни басейни, pH нивата спадат и водата става по-кисела. Проблемът се задълбочава, когато почвите край езерото не могат да образуват естествена бариера срещу подкиселяването. Това води до рязко покачване на киселинността и до отделяне на алуминий от почвата във водата. Алуминият е метален елемент, който оказва токсично въздействие върху водните растения и организмите. По данни на EPA цели 75% от езерата, класифицирани като киселинни, са резултат именно от киселинния дъжд.
Водните обитатели страдат от комбинираното действие на повишената киселинност и високите концентрации на алуминий. Ниските pH стойности са токсични за рибите и останалите водни организми, а алуминият причинява хронични проблеми – намалява телесното им тегло и ограничава способността им да намират храна и убежище. Някои видове растения и микроорганизми успяват да се адаптират към по-киселата среда, но мнозинството не може. В най-силно подкиселените езера водният живот изобщо липсва.
Киселинният дъжд уврежда цялостните екосистеми, защото може да изчисти определени организми и растения от водната хранителна мрежа. С нарастването на киселинността част от видовете изчезват от хранителната верига, а останалите същества започват да се конкурират за все по-ограничените ресурси. По естествен път това води до значително намаляване на броя на водните растения и животни, обитаващи езерото и районите около него.
Киселинният дъжд повишава концентрацията на азот в езерата и допринася за така нареченото епизодно подкиселяване, предизвикано от бурни оттоци и топене на снега. Според EPA азотът е ключов фактор за изчерпването на кислорода във водните басейни. Масовите цъфтежи на водорасли и влошеното здравословно състояние на водния живот са пряка последица от кислородния дефицит. При повишени азотни нива се затрудняват и дейности като лодкуване и плуване, а хората, които разчитат на риболова като източник на храна, също търпят негативни последствия.