Културите, генетично модифицирани да издържат на хербициди, са създадени за по‑лесно управление на плевелите, но те носят редица рискове.
Един от недостатъците е тенденцията фермерите да използват прекалено големи количества хербициди, тъй като културите са устойчиви и няма риск от увреждане. Това води до замърсяване на околната среда, замърсяване на подпочвените води и потенциални рискове за човешкото здраве.
Устойчивите към хербициди култури могат да стимулират еволюцията на нови видове плевели, устойчиви на текущите средства. За борбата с тях се изискват нови хербициди, а също така се появяват доброволни (нежелани) култури, които са също устойчиви.
Тези култури понякога намаляват биоразнообразието в селскостопанските системи, като унищожават различни растителни видове в полето. Въпреки това рискът за растителни видове извън обработваните площи остава нисък.
Гените за устойчивост могат да се прехвърлят към неконтролирани култури в същото или съседно стопанство, което може да създаде нежелани последици за фермерите, които желаят да запазят традиционни сортове.