Задържащите басейни, изградени предимно за контрол на наводнения, могат да предизвикат редица проблеми – от прекомерен растеж на алги до натрупване на отпадъци. Съответната планировка и редовна поддръжка намаляват тези рискове.
Алгите водят до смърт на риби, неприятни миризми и зелено‑лепкава вода, което намалява стойността на имотите около басейна. Причината е излишък от азот и фосфор, произтичащи от изтичане на торове от градините и селскостопанските площи. За контролиране на растежа е необходимо ограничаване на употребата на торове в зоната на оттичане.
Водата в задържащите басейни често съдържа високи нива на бактерии, вреден зоопланктон и пестициди. При плуване, каране с лодка или консумация на риба от басейна се излагат на здравословен риск. За обществена безопасност е препоръчително да се забрани плуването и риболовът.
С течение на времето басейните се запълват със седименти. В градските райони те могат да съдържат тежки метали и други замърсители, произхождащи от пътната мрежа. Тези отлагания трябва да се отстранят, за да се запази капацитетът за задържане на вода, като се изхвърлят на неаграрни площи.
Тихите води са идеална среда за размножаване на комари. Поддържането на дълбочина поне 1,8 м (шест фута) намалява растежа на водни растения и светлината в дъното, което ограничава размножаването. Хербициди, контролиращи алги и растителност, както и въвеждането на риби като гамбузия (мъховка), също спомагат за борба с ларвите.
Течността, която достига до басейна, често носи градински отпадъци и уличен боклук, превръщайки водната повърхност в визуален безпорядък и намалявайки стойността на съседните имоти. Редовното почистване и наблюдение са задължителни.