Гентиановото виолетово е водоразтворимо багрило, получено от въглищен катран, което има широк спектър от приложения. Медицинските изследователи го използват за оцветяване на бактерии, а веществото притежава и антисептични и противогъбични свойства. То се прилага често за лечение на дрожди и гъбични инфекции като млечница, кандидоза и стъпало на спортиста. Съществуват обаче и други лекарствени съединения, които предлагат същите противогъбични и антибактериални качества.
При мишки, погълнали големи количества от веществото, са установени канцерогенни ефекти. При хората страничните реакции от външна употреба са редки, макар че е възможно да се появи подуване, зачервяване или раздразнение на обработената зона. Ако кожата стане гореща и чувствителна, покрие се с рани или отделя гной – особено в области с кожни гънки, например между пръстите на краката – това може да е признак на кожна инфекция, причинена от самото вещество.
Като алтернативни противогъбични лекарства за гъбични кожни инфекции могат да се използват нистатин, клотримазол, кетоконазол, итраконазол и йодна тинктура. Нистатинът в течна форма е подходящ за гъбични инфекции на устната кухина, а като мехлем – за кожни инфекции; при чревни инфекции течността трябва да бъде погълната. Клотримазоловите и кетоконазоловите кремове са ефективни при кожни обриви и обриви от пелени, като освен това са налични и под формата на таблетки и супозитории за лечение на вагинална млечница.
Сред антибактериалните заместители на гентиановото виолетово е медът, който още преди 2000 години е бил използван от войници за лечение на инфектирани рани, както и водородният пероксид. Пероксидът е подходящ за дезинфекция на кожата, но не бива да се нанася върху открити рани или язви. Кремът Неоспорин лекува бактериални кожни инфекции, но действа сравнително слабо. За по-бързо облекчение такива инфекции е препоръчително да се лекуват с перорални антибиотици.
Изследователите оцветяват бактерии, за да могат да ги разглеждат под микроскоп. Сред разнообразието от алтернативни оцветители са карминът, който боядисва бактериалните клетки в червено, DAPI – флуоресцентно багрило за идентифициране на бактериалната ДНК, и фуксинът, използван за подчертаване на мускулни тъкани или колаген. Етидиевият бромид оцветява клетките в процес на умиране, а малахитовото зелено боядисва бактериите за микроскопски анализ по същия начин като гентиановото виолетово.