Камъните и чакълът навлизат в почвата и се превръщат в трудни за премахване. Поставянето на здрава пейзажна мембрана преди мулчиране може временно да предотврати смесването, но в дългосрочен план материалът се разпада. Затова този тип мулч е подходящ само за многогодишни лехи или зони без растения, където желаете трайно решение.
Някои видове чакъл се получават от варовикови скали, които са силно алкални. При разтваряне те повишават pH‑то на почвата, което прави средата по‑неподходяща за растения, изискващи киселина. Ако отглеждате такива растения, избягвайте варовиков чакъл или използвайте неалкални материали.
Камъните абсорбират и задържат топлина, което увеличава температурата на почвата. Прекомерната топлина ускорява изсъхването и стресира корените. Светлите камъни могат дори да отразяват топлината към листата, като ги изгарят. Този ефект е полезен за сухолюбиви или пустинни видове, но може да убие многогодишни тревисти растения и да повиши вътрешната температура на къщата, ако се използва близо до нея.
Някои плевели успяват да пробият чакъла. Поставянето на геотекстил под мулча намалява, но не премахва напълно проблема – силните корени могат да разкъсат мембраната. Също така листа и други отпадъци се натрупват върху повърхността, а чакълът е труден за разрохкване, което усложнява почистването.
Камъните, които се изхвърлят извън границите на лехата, създават риск от спъване. При работа с косачка камъните могат да бъдат изхвърляни в тревните площи. Инсталирането на бордюр около мулчирания участък и оставянето на мулча леко под нивото на бордюра спомага за избягване на тези опасности.