Поради различните химични свойства на меката вода, тя по‑лесно разтваря частици от околната среда. В тръбите това означава, че меката вода може да извлича метални елементи от самите тръби. При нормални условия това не е проблем, но при омекотяване се освобождават тежки метали, които могат да се натрупат в организма и да имат токсичен ефект.
Системите за омекотяване се предлагат в различни размери, съобразени с дебита на водата в дома. При избиране на неправилния размер възникват две основни ситуации: прекалено голямата система изразходва ненужно енергия, докато твърде малката не успява да омекоти водата адекватно.
Содата, използвана за регенерация на смолата, остава във водата под формата на натриеви йони. При повечето потребители количеството е незначително, но хора с ограничен прием на натрий (поради диета, заболяване или лекарства) трябва да избягват консумацията на омекотена вода и храни, приготвени с нея.
Натрият в омекотената вода е вреден за растенията. Той може да ги убие или да ги отслаби, като същевременно се натрупва в почвата и създава дългосрочни проблеми за бъдещи култури. Затова омекотената вода не се препоръчва за поливане.
Въпреки че системите за омекотяване на вода ефективно премахват калциевите и магнезиевите соли, те могат да доведат до освобождаване на тежки метали, повишено съдържание на натрий и проблеми с градинарството. При избора и използването им е важно да се вземе предвид размерът на системата и специфичните нужди на домакинството.